Rukopisy jsou psány staročesky. Jazyk Rukopisů se však neshoduje ve všech prvcích s jazykem ostatních staročeských památek, což dnešní češtináři vykládají jako hlavní důkaz padělanosti Rukopisů.
Je třeba si všimnout, že jazyk Rukopisu zelenohorského se v něčem liší od Rukopisu královédvorského. Dokonce v Rukopise královédvorském lze rozlišit starší a mladší jazykovou vrstvu. Jazyk dalších sporných památek se znatelně liší od jazyka Rukopisů. Předpokládaný padělatel by pro své podvrhy musel vytvořit několik „jazyků“.