Rukopis zelenohorský nalezl důchodní (správce důchodů) Josef Kovář na zámku Zelená Hora u Nepomuku. Na zámku je v přízemí tmavá komora s malým okénkem, ve které se skladovaly různé hospodářské potřeby a staré spisy. Kovář se jednou probíral starými listinami a nalezl dva zašpiněné pergamenové dvoulisty. Špínu očistil vlhkou houbou a donesl rukopis ukázat Františku Boubelovi, tehdy děkanovi v Nepomuku. Boubel ukázal rukopis některým kněžím, mj. Josefu Zemanovi.
Rukopis byl nalezen pravděpodobně již roku 1817. Po nějaké době četl děkan Boubel výzvu vrchního purkrabího Františka z Kolovrat všem vlastencům, aby zasílali dary a příspěvky pro české Muzeum. Podle Boubelova návrhu zaslal Kovář rukopis do Prahy, ale anonymně, aby nepřišel o místo. Bál se, „že by mu odstranění tohoto spisu za zpronevěření v úřední službě pokládáno býti mohlo“. Rukopis byl vhozen v listopadu 1818 do schránky na Malé Straně a byl adresován hraběti Františku z Kolovrat. Přiložen byl německý anonymní dopis:
„Vaše Excelence! V našem domácím archivu ležely přiložené čtyři listy pergamenu snad po staletí odhozené v prachu. Že však znám vznešené smýšlení mého pána (který je zarytý německý Michl) ohledně Národního musea: neboť on by to viděl raději spálené nebo zetlelé, než aby to dal této instituci, tak jsem připadl na myšlenku zaslat tyto listy Vaší Excelenci anonymně, neboť pod svým jménem bych se vystavil nebezpečí být zbaven služby; a prosím je věnovat této vlastenecké instituci od nejmenovaného pravého vlastence. Jejich obsah jsem nemohl rozluštit, i když jsem nešetřil čas ani námahu, a jsem na něj velmi zvědavý. Doufám, že český profesor nebo jiný český učenec to neshledá tak těžký
m. Škoda, že čerň, když jsem otíral prach vlhkou houbou, se poté změnila v zeleň.
Psáno olůvkem, aby nebylo poznat mou ruku.“
Rukopis byl poté zaslán hraběti Kašparu Sternbergovi, který se tehdy zdržoval v Radnici. Farářem v Radnici byl žák Dobrovského, český buditel a filolog Antonín Puchmajer. Pokusil se rukopis přečíst. Dosti přesně přečetl jednotlivá písmena (mýlil se prý jen čtyřikrát), ale nedovedl text dobře rozdělit na slova a zmýlil se v pořadí stránek. Omylem měl 3. a 4. stranu za 1. a 2. stranu. Četl chybně například „po Gubisaňlutu“ (namísto pogubi saň lutu). Puchmajer rukopis omaloval a poslal toto faksimile Josefu Dobrovskému.
Dobrovskému byly již okolnosti anonymního zaslání rukopisu podezřelé. Nedovedl faksimile zcela pochopit. Četl v něm o plucích Čechových, což měl za nehistorické. Také gramatické tvary měl za chybné.
Pak zkoušeli rukopis číst Václav Hanka s Josefem Jungmannem. Přišli na přehození stránek a společným úsilím přečetli text za tři dny. Dobrovský pojal proti nim podezření a psal 29. 1. 1819 Puchmajerovi: „Že skládatelé starého zlomku jej lépe oddělují, čtou a lépe mu rozumějí než Vy a já, lze pochopiti. Jen, co s tou: Tetvy Popelova říci chtěli, sami dobře nevědí.“ Dobrovský byl přesvědčen o padělanosti fragmentu ještě dříve, než jej viděl, a tento názor pak vždy zastával s neobvyklou prudkostí. V roce 1819 nebyl u nás větší znalec staročeského jazyka, a proto se téměř všichni podrobili jeho mínění a rukopis byl jako nepravý předán Museu k uchování.
Text však již koloval v opisech a byl zaslán také do Polska J. B. Rakowieckému, jenž jej otiskl ve svém díle Prawda ruska jako starověkou památku. Z tohoto díla skladbu převzal Šiškov a zveřejnil ji s ruským překladem v Izvěstijích Rossijskoj akademii (pozn.: toto vydání Laiskeova bibliografie neuvádí).
První vydání Rukopisu Zelenohorského u nás vydali r. 1822 Josef a Antonín Jungmannovi v časopise Krok. V předmluvě si dovolili ponadzvednout odpůrce slovy: „odporuj kdo chce, nejstarší zlomek to jest nám známé české vzdělanosti.“
Dobrovský cítil nutnost vyjádřit se a zaslal do vídeňského Hormayrova Archivu článek Literarischer Betrug (Literární podvod). V článku podal zprávu o záhadném zaslání fragmentu, prohlásil podvod již z anonymního dopisu samého za zřejmý, ale žádné další důkazy podvrženosti neuvedl, jen ještě poukázal na zelený inkoust.
Odpověděl mu V. A. Svoboda článkem Libuša als Gesetzgeberin (Libuše jako zákonodárkyně) v témže časopise. Obhajoval rukopis jeho starobylým duchem, básnickou silou a prostotou.
Dobrovský nejprve reagoval „Předběžnou odpovědí“ (Vorläufige Antwort auf des Herrn W. S. Ausfälle) , kde vytýkal rukopisu např. použití ruských slov. Dále vyslovil námitky ohledně historických faktů: hrad Vyšehrad tehdy ještě nestál, lechové byli jen v Polsku, větev Popelů je vymyšlena. Podrobnější odpověď zařadil Dobrovský do recenze na Rakowieckého Prawdu ruskou. Kromě kritiky Svobody a vlastenců zde vytkl slova nedoložená, nebo nedoložená v daném významu: oten, plzeň, ladný, pravda, lech.
Na tyto články sepsal odpověď V. A. Svoboda a také Antonín Jungmann, ale z ohledu na stáří a zásluhy Dobrovského nakonec články nezveřejnili. Tím spor poněkud utichl a jen ojediněle se objevovaly drobné zmínky.
Jungmann v Historii literatury české (1825) psal: “P. Dobrovský, jehož některým domněnkám historickým tento rukopis na odpor stojí, jej za podvržený vyhlásil, ale zajisté nedůvodně.” Obdobně Šafařík v díle Geschichte der 
slavischen Sprache und Literatur (1826): “čtyři pergamenové listy (…), jejichž pravost byla nově Dobrovským zpochybněna marně”.
První zmínku o chemickém zkoumání rukopisu máme v dopise Josefa Jungmanna Antonínu Markovi z roku 1824: „(…) Dobrovský s Millauerem a Steinmannem (Němcem kovaným) vyšetřovali rukopis o Libuši a nalezli jej býti podvrženým. Steinmann chemicky shledal, že ta barva zelená ani tři léta trvati nebude a Dobrovský shledal, že každé slovo a mluvení spůsob odjinud čerpán, což on že ukázati hotov.“
Brandl vysvětluje Dobrovského stanovisko k Rukopisu zelenohorskému tím, že Dobrovský neměl cit pro poezii. Cituje názor Dobrovského na srbské písně v listě Kamarytovi 1827: „Nevím, co ti lidé s těmi srbskými písněmi jen chtějí? To všecko Kopitar tak vykřičel, pak namydlili něco Goethovi a nyní dělají tolik hluku. A přece jsou to jen písně pouličné! Něco jiného jsou písně ruské, ty mají přec ještě v třetí osobě jednočtu staré тъ!“ Podle Brandla spatřoval Dobrovský v Rukopise zelenohorském „toliko předmět grammatický, jehožto formy s jeho výzkumy filologickými se nesrovnávaly a tudíž podle jeho úsudku bez ceny byly.”
Obdobné gramatické tvary jako v Libušině soudu se objevily až r. 1828 v meziřádkovém překladu Evangelia sv. Jana. Nález této památky Dobrovského značně znepokojil. Řekl tehdy
Palackému: „Jestli evangelium pravé a staré, musí také zlomek o Libuši pravý a starý býti; jelikož ale zlomek o Libuši zajisté podvržen jest, musí také evangelium sv. Jana podvrženo býti.“ Hanka proto uschoval fragment Evangelia a nikomu jej neukazoval, aby se vyvaroval urážky svého učitele.
Po smrti Dobrovského vydali Hanka a Svoboda Libušin soud společně s Rukopisem královédvorským. Recenzi na tuto knihu napsal Palacký a přiznal se v ní, že si o starobylosti Libušina soudu ještě neutvořil názor. Palacký pak viděl rukopis po letech r. 1934, po mnoha zkušenostech s písemnými památkami, a přesvědčil se o jeho pravosti.
V roce 1840 vydává Palacký spolu se Šafaříkem kritické vydání Libušina soudu a dalších starých památek české řeči. Kniha je známá pod názvem Älteste Denkmäler a obsahuje podrobný popis fragmentu, paleografický přepis, překlad do latiny a němčiny, seznam slov a gramatických tvarů. Palacký a Šafařík zde shrnuli všechny námitky proti rukopisu a ukázali, že žádná z nich pravost rukopisu nevyvrací. U některých slov poukázali na výskyt v jiných slovanských památkách nebo ve vlastních jménech.
Pro toto kritické vydání provedl mykolog a mikroskopik Augustin Corda chemické a mikroskopické zkoumání rukopisu. Corda prozkoumal pergamen i psací látku a prohlásil rukopis z přírodně historického hlediska a z prostého stavu spisu za nanejvýš starý. Cordovy výsledky patří i dnes k důležitým zdrojům našich znalostí o Rukopise zelenohorském.
Palacký se Šafaříkem přispěli i k rozřešení otázky zeleného inkoustu. Pro tuto zvláštní barvu byl rukopis podezírán z padělanosti. Stejnou zelenou barvu však objevili Palacký a Šafařík v Martyrologiu Romanu rajhradského kláštera z 9. století a v roudnickém Nekrologiu ze 14. století.
Na zámek Zelená Hora doléhaly jen řídké ohlasy sporu o pravost rukopisu. Alexander Berndorf píše, že asi r. 1819 
přijel znenadání hrabě Jeroným Colloredo a nařídil spálit staré spisy z archivu. Je možné, že se doslechl o anonymní zásilce.
Že Libušin soud pochází ze Zelené Hory, zjistil dle vlastního tvrzení malíř František Horčička, dozorce obrazáren knížete Rudolfa Colloredo-Mannsfelda, přítel Václava Hanky. Horčička jezdil často na Zelenou Horu, kde měl na starost údržbu obrazů. V Nepomuku hovořil s děkanem Boubelem, a když vyprávěl o sporu o Libušin soud, Boubel mu důvěrně řekl, že rukopis je ze Zelené Hory. Horčička měl o této skutečnosti zachovat mlčení. Později se ukázalo, že Horčička nemlčel. O nálezu Libušina soudu od něj slyšel Palacký, prý ještě za života Dobrovského. Palacký však zprávě nevěřil, protože Horčička nechtěl říci, odkud to ví. Také další osoby slyšely o nálezu Libušina soudu od Horčičky, ale nepřikládaly tomu význam.
Horčička chtěl zanechat paměť o nálezu potomstvu, proto požádal svého známého, pátera Krolmuse, aby zapsal vše, co se Horčička od Boubela dozvěděl. Roku 1852 zemřel František Colloredo-Mannsfeld, syn hraběte Jeronýma, a Horčička usoudil, že už nemusí své vědomosti tajit. Vyprávěl historii nálezu v Krolmusově bytě vícekrát před svědky. Ti později dosvědčili písmně, že toto vyprávění slyšeli.
Po anonymních článcích v Tagesbote r. 1858 psal Krolmus Hankovi, aby zveřejnil, co oba věděli od Horčičky. Hanka tehdy nereagoval.
Pak zasáhla náhoda. V listopadu 1858 dostal Krolmus dopis od Romana Voříška, kaplana v Žinkovech, který se zajímal o Šternberky, jimž dříve patřila Zelená Hora. Žádal o Krolmusovu knihu o hradu Šternberku a o další informace o zelenohorské krajině. Krolmus napsal mj. o nálezu Libušina soudu, o kterém je teď v Praze spor, a prosil o nalezení jména nepomuckého děkana a důchodního (Horčička totiž jména Boubela a Kováře neznal, mluvil jen o děkanu a důchodním).
Páter Voříšek si vzpomněl, že už dříve slyšel vyprávět o nálezu rukopisu. Hledal v okolí svědky a nalezl Josefa Zemana, děkana v Nepomuku. Zeman viděl Libušin soud na nepomuckém děkanství ještě před odesláním do Prahy. Po tomto úspěchu psal Voříšek Nebeskému, sekretáři Musea, jestli si Hanka přeje důkaz o nálezu Libušina soudu. Když nedostal odpověď, poslal zprávu o nálezu W. W. Tomkovi, jednateli Musea.
Tomek otiskl Voříškův dopis 10. 2. 1859 v Lumíru a s velkým nasazením se dal do pátrání. Poslal prof. Martina Hattalu za páterem Krolmusem, aby získal opis Horčičkova vyprávění. Krolmus vypracoval souhrn všeho, co o nálezu věděl. Tento souhrn byl čten na schůzi filologické sekce Královské české společnosti nauk 14. 2. 1859. V dalším pátrání získal Tomek přesný opis Krolmusova zápisu, zapsal i výpovědi svědků Horčičkova vyprávění. Vyžádal si od děkana Josefa Zemana písemné svědectví o nálezu.
Tomek také zkoumal písmo anonymního dopisu. Od zelenohorského hospodářského ředitele Vácslava Liedla získal vzorky Kovářova písma a srovnával je s písmem anonymu. Usoudil, že písmo anonymní cedulky je úmyslně překroucené, ale je dost shodných detailů s Kovářovým písmem, takže stačí k přesvědčení, že Kovář psal cedulku sám bez prostředníka.
Aby s
e původ rukopisu prokázal ještě bezpečněji, správní výbor Musea rozhodl vyslat Tomka s Rukopisem zelenohorským do Nepomuku, aby jej ukázal děkanu Zemanovi. Zeman rukopis ihned poznal a 25. 3. 1859 učinil před notářem zápis, že je to týž, který měl u sebe Boubel. Protokol podepsali také další občané z okolí Nepomuku, kteří byli zrovna přítomni. Když všichni společně četli úryvek slovo od slova, přišel okresní adjunkt Josef Straširybka na to, že červené rumělkové čárky označují začátky slov. Je zajímavé, že k tomuto objevu došlo více než čtyřicet let po nálezu. Ani Palacký a Šafařík v Älteste Denkmäler ještě nepíší, co červené čárky znamenají.
Poslední svědectví k nálezu RZ našel Vácslav Liedl v dubnu 1859. Hovořil tehdy s Martinem Havlíčkem, cestákem (uklízečem cest), který vykonával různé služby zelenohorským úředníkům. Havlíček si vzpomněl, že r. 1818 v neděli po sv. Havlu (tedy 18. října) jel s formany a hraběcím nákladem do Prahy. Cestou je předehnal Kovář, jedoucí také do Prahy. Havlíček stěhoval hraběcí nábytek z letního bytu na Zelené Hoře do Prahy; dle listin byl hrabě na Zelené Hoře do listopadu. Toto svědectví potvrzuje, pokud bychom věřili paměti svědka po čtyřiceti letech, že Kovář byl v době odeslání RZ skutečně v Praze.
Po Tomkově pátrání se už nepochybovalo, že rukopis přišel do Prahy ze Zelené Hory a byl odeslán důchodním Kovářem. Před tím se vyskytl i jiný názor. Palacký a Šafařík v Älteste Denkmäler považovali za zasilatele sekretáře jistého hraběte, kterého nechtěli jmenovat, horlivého vlastence a spisovatele. Tuto osobu určuje Legis-Glückselig v Hankově životopise. Měl to být Norbert Vaněk, v letech 1817-18 sekretář hraběte Hartmanna z Klaršteina a knihovní skriptor, zemřelý r. 1835. Čelakovský napsal ve své nezveřejněné přednášce o Libušině soudu, že v písmu anonymního dopisu poznal ruku tohoto sekretáře. Proto soudil, že rukopis pochází z bohaté sbírky hraběte Hartmanna.
V době rozbouřeného sporu o Rukopisy r. 1886 vyslovil další teorii o jejich nálezu Julius Grégr. Horliví vlastenci mohli rukopisy objevit v císařské knihovně, nebo v některé soukromé knihovně či archivu. Z obavy o osud rukopisů vynesli je tajně z knihovny, seznámili se s jejich obsahem a pak předstírali „nálezy“. Tím by bylo lze vysvětlit koincidence, vytýkané Gebauerem. Grégr píše: „Nikdo nemůže aspoň možnost tohoto způsobu jich objevení, a že již před r. 1817 známy byly, popřít. Kladu zde domněnku proti domněnce.“
S další teorií přišel Miroslav Ivanov. Zaujala jej postava malíře Horčičky. Ten se zajímal o staré rukopisy, přátelil se s Václavem Hankou a oba chodili na Dobrovského přednášky o staroslověnštině. Horčička dobře ro
zuměl malířským technikám, navštěvoval na technice přednášky o chemii a barvách. Z toho Ivanov vyvodil, že mohl pomoci Hankovi po chemické stránce při zfalšování Rukopisů. Je doloženo, že Horčička byl na Zelené Hoře v dubnu 1819, když tam přivezl obraz pro kapli ve Vrčeni. Ivanov se domnívá, že Horčička musel být na místě už dříve, aby si prohlédl situaci pro obraz.
K dalším úvahám podnítil Ivanova nástropní obraz bitvy u Olomouce na zámku Zelená Hora. Proč je obraz s motivem z Rukopisu královédvorského na místě nálezu Rukopisu zelenohorského? Ivanov nejprve usoudil, že Horčička znal obraz bitvy u Olomouce a upozornil Hanku na námět. Pak zjistil, že Hanku mohl upozornit také zelenohorský zámecký kaplan František Josef Sláma, spisovatel, který se s Hankou znal. Když ještě uvážíme, že nedaleko Zelené Hory jsou Nové Mitrovice, rodiště Josefa Lindy, možností je celá řada.
Zámek Zelená Hora patřil dříve Šternberkům, kteří si velmi vážili svého předka Jaroslava, vítěze nad Tatary. Od těchto faktů odvíjí svou teorii Zdenko Frankenberger Daneš. Soudí, že oba Rukopisy jsou oslavou rodu Šternberků a byly dlouho uchovávány na zámku Zelená Hora a zapomenuty. Našel je Horčička, nebo důchodní Kovář, a Horčičku s nálezem obeznámil. Oba vlastenci rukopisy odcizili, aby je zachránili před majitelem, který by je zničil. Pak Horčička s přáteli inscenovali “nálezy”. V době mezi odcizením rukopisů a jejich inscenovanými nálezy se Horčička a jeho přátelé s texty obeznámili. Na podporu své teorie uvádí Daneš například dopis Hanky Dobrovskému, psaný tři týdny před nálezem RK, ve kterém se Hanka ptá na význam některých slov z RK. Dále již zmíněné nabídky pátera Krolmuse a pátera Voříška, že mají svědectví o nálezu Libušina soudu, na které Hanka neodpověděl.
To jsou dosavadní fakta a teorie k nálezu Rukopisu zelenohorského a není vyloučeno, že přibydou další. Rukopisy nabízejí mnoho záhad a v tom je jejich kouzlo.
